Llevats vius aïllats de 3000 anys i altres històries de cèl·lules dorments

Click here for the English version: “Yeasts 3000-years-old are alive …

2 agost 2019

Fa uns mesos, cap a l’abril, l’amic arqueòleg i professor de la URV Jordi Diloli em va passar un article molt i molt sorprenent (Aouizerat et al 2019), que tot seguit passo a comentar, i del qual se n’ha fet ressò a internet (Borschel-Dan 2019).

Llevats “ressuscitats” de fa 3000 anys

El grup d’investigadors dirigit per Ronen Hazan de la Universitat Hebrea de Jerusalem van prendre mostres de 21 recipients de diversos jaciments de l’actual Israel de fa entre 2500 i 5000 anys, dels períodes persa, filisteu i els més antics de l’egipci. Els arqueòlegs creien que aquests recipients d’argila havien contingut begudes fermentades com cervesa o hidromel (Figura 1). Els recipients foren submergits en medi ric YPD, específic per a créixer llevats i altres fongs, i posats a incubar a temperatura ambient durant 7 dies. A continuació, mostres d’aquest medi foren sembrades en plaques d’agar amb el medi específic, i les colònies resultants foren aïllades per a les anàlisis posteriors (Aouizerat et al 2019).

Fig 1 pottery Hazan

Figura 1. Recipients d’argila d’on es van aïllar els llevats (Imatge de Judah Ari Gross, Times of Israel).

 

Els aïllats trobats foren 6 soques de diferents espècies de llevats, i una d’elles era de Saccharomyces cerevisiae, en concret d’un jaciment filisteu de fa 3000 anys. Evidentment, és molt sorprenent que s’hagin pogut aïllar llevats vius d’unes restes tan antigues. Per això, els autors del treball van dur a terme una sèrie d’experiments que poguessin confirmar aquest fet tan singular i que els aïllats no fossin producte d’una contaminació.

En primer lloc Aouizerat et al (2019) van demostrar que és possible aïllar llevats de recipients d’argila que han contingut cervesa o vi després d’un cert temps. Ho van fer tant amb recipients amb cervesa sense filtrar enterrats durant 3 setmanes, i també amb un altre recipient que havia contingut repetidament vi i que feia 2 anys que no s’utilitzava. Amb aquestes mostres van posar a punt la metodologia d’aïllament i en ambdós casos van aconseguir aïllar llevats, i no en van aïllar d’una mostra control amb cervesa filtrada, per tant sense llevats.

Per demostrar que els aïllats dels recipients antics ho eren perquè aquests havien contingut el líquid fermentat, van aplicar el mateix protocol amb mostres d’altres ceràmiques que era segur que no havien estat per a aquesta finalitat, i també de sediments propers als recipients. El resultat fou clarament negatiu per a aquestes mostres: només 2 llevats aïllats de 110 mostres, mentre que de les 21 mostres inicials havien aïllat les 6 soques de llevats esmentades. O sigui, que els llevats serien significativament més abundants en els recipients contenidors de begudes fermentades alcohòliques que en altres recipients arqueològics relacionats o els sediments al voltant.

Un altre argument que dóna suport a la hipòtesi dels autors d’aquest treball fou la identificació d’aquests 6 llevats. N’obtingueren el DNA total i procediren a la seqüenciació dels genomes i comparació amb les bases de dades. Dos d’ells, de l’època egípcia, foren identificats com Saccharomyces delphensis, una espècie que ha estat aïllada de figues seques africanes i que no és gens habitual en terra. Per tant, això suggereix la utilització de figues en les begudes alcohòliques d’aquests recipients. Un altre dels aïllats fou identificat com a Rhodotorula, que és un llevat contaminant freqüent en cerveses africanes. Un altre fou identificat com a Debaryomyces, llevats freqüents en cerveses tradicionals africanes de sorgo. Com he dit abans, un altre aïllat fou identificat com a Saccharomyces cerevisiae, el llevat més utilitzat per a fer vi, cervesa o pa (Figura 2). Malgrat això, la seqüència genètica d’aquest S. cerevisiae era clarament diferent de les soques més usades en l’actualitat, comercials o de laboratori, i per tant s’exclou la possibilitat d’una contaminació. I finalment, l’altre aïllat fou identificat com a Hypopichia burtonii, un llevat prèviament aïllat d’un hidromel d’Etiòpia.

Aquestes dades genètiques, junt amb la caracterització fenotípica (cinètica fermentativa i altres característiques bioquímiques) que Aouizerat et al (2019) van realitzar amb els aïllats, suggereixen que aquests llevats efectivament procedeixen d’un entorn relacionat amb les begudes alcohòliques. Fins i tot els autors van elaborar cervesa amb aquests aïllats i alguns, els Saccharomyces sobretot, van donar un resultat analític i sensorial força bo.

 

Fig 2 Saccharomyces_cerevisiae_SEM

Figura 2. Llevats Saccharomyces cerevisiae al microscopi electrònic de rastreig (MD Murtey & P Ramasamy)

 

Aouizerat et al (2019) conclouen que els aïllats són descendents dels llevats que foren utilitzats originalment en gran quantitat i en fermentacions repetides, i això hauria facilitat la seva supervivència en microambients dels porus de la matriu ceràmica d’aquests recipients, i que les microcolònies haurien seguit creixent mínimament durant mil·lennis gràcies a la humitat i nutrients residuals. Els autors fan l’analogia amb algunes cerveses artesanals on és usual que els residus dels recipients serveixin com a “estàrters” per a noves produccions.

Finalment, els autors d’aquest treball especulen que és possible aïllar microorganismes de restes arqueològiques, no només llevats, i que en el cas dels bacteris fins i tot podria ser més fàcil, donades les característiques de resistència d’alguns d’aquests, com els esporulats.

No hi ha cap treball similar previ al de Aouizerat et al (2019) ?

Com hem vist, és una troballa molt sorprenent, sens dubte. Científicament, el treball és força impecable i “aprovat” per la comunitat internacional: l’article és d’una revista d’accés obert amb prestigi (mBio, factor d’impacte 6.7), de l’American Society for Microbiology, on tots els articles són revisats per un mínim de dos experts, a banda dels editors. Els resultats que presenta l’article semblen molt ben treballats, i les conclusions estan ben raonades.

Tanmateix, per a mi segueix essent quasi increïble, i és estrany que no s’hagi trobat res semblant abans. Potser si algú altre prèviament hagués provat d’aïllar microorganismes tan antics i no se n’hagués sortit, potser no hauria publicat res i no ho sabríem ? Potser això no s’havia provat mai ? De fet, una explicació “malpensant” podria ser que els arqueòlegs tenen uns interessos i els microbiòlegs o biòlegs moleculars en tenen uns altres, i que per a aquest tipus de treball cal la col·laboració d’ambdós ?  Bé, no és ben bé així, ja que sí que hi han força treballs de microorganismes de l’antigor, però que sempre s’han enfocat a la detecció i anàlisi del DNA antic, amb la qual cosa es demostra que hi havien determinats microorganismes encara que no es procedís a aïllar-los o si més no a intentar-ho. 

Evidència de microorganismes en restes antigues gràcies al DNA

En relació als llevats, l’evidència més antiga és que se n’ha extret DNA ribosomal de Saccharomyces cerevisiae a partir de residus trobats dins gerres de vi d’Egipte de fa 5000 anys (Cavalieri et al 2003). Cal recordar que l’evidència arqueològica més antiga de producció de vi a gran escala és de fa 7400 anys al nord de les muntanyes Zagros, a l’actual Iran (McGovern et al 1986). Com sabeu, S. cerevisiae és també el llevat del pa i la cervesa, derivats dels cereals, però com que ni S. cerevisiae ni les seves espores són aèries, segurament la utilització d’aquest llevat en sucs fermentats del raïm, així com de dàtils, figues o mel, va precedir històricament el seu ús per a fer cervesa i pa (Cavalieri et al 2003). És probable que els llevats vínics que hi són de forma natural als raïms danyats (Mortimer & Polsinelli 1999) foren utilitzats per fermentar altres productes com els de cereals, i després de segles de selecció pels humans, evolucionessin en soques específiques per fermentar aliments i begudes.

Els genomes de microorganismes patògens també han estat estudiats en restes arqueològiques mitjançant les noves tècniques de seqüenciació massiva, per tal de seguir la pista a malalties infeccioses epidèmiques d’importància històrica, com la pesta negra, la tuberculosi, el còlera o la lepra (Andam et al 2016). En aquests casos lògicament les restes arqueològiques són restes humanes, com ossos, dents, copròlits o teixits momificats. D’aquesta manera per exemple, la filogènia i evolució de les soques del bacteri Yersinia pestis de la pesta negra ha pogut ser reconeguda des de restes de l’edat de Bronze (fa 5000 anys) fins les conegudes epidèmies dels segles 6è i 14è (Bos et al 2011). També és ben conegut el cas del genoma de Helicobacter pylori identificat a l’intestí de la mòmia d’Ötzi, l’home de gel dels Alps orientals, de fa 5300 anys (Maixner et al 2016).

També s’ha aïllat DNA de bacteris específics del digestiu humà, com Bifidobacterium i Bacteroides, per demostrar la presència humana en sediments arqueològics de fa 5000-12000 anys del nord est de Polònia (Madeja et al 2009).

Cal recordar que el DNA es degrada amb el temps, i de fet és més inestable que altres components cel·lulars. Aquesta macromolècula pateix espontàniament danys per oxidació, hidròlisi, i fragmentació en trossos que poden ser menors a 100 pb. La majoria de fòssils o altres restes biològiques de més d’uns 100.000 anys ja no contenen DNA amplificable (Hofreiter et al 2001), encara que sembla que si les mostres són extretes de sediments congelats, amb temperatures constants sota zero com els suara comentats, el DNA podria ser recuperat de fins a 400.000 anys o una mica més (Willerslev et al 2003). A més els teixits són colonitzats amb el temps per fongs i bacteris que redueixen en gran manera la quantitat relativa de molècules endògenes i poden contribuir a donar falsos positius. El risc de contaminació és molt alt i sovint aquesta es menysté. Generalment el DNA de l’hoste que s’analitza pot ser menys del 1% del DNA total trobat. Tots aquests factors compliquen l’extracció de DNA, la construcció de llibreries de seqüències, l’alineament de DNAs i l’anàlisi de genomes (Andam et al 2016).

Sorprenentment, hi ha uns quants treballs publicats on troben DNA antic de plantes, animals i diversos microorganimes, d’alguns milions d’anys (Ma), fins i tot centenars de Ma. Destaquen els obtinguts de mostres d’ambre de 20-40 Ma, i els obtinguts de sal de roca de 250 Ma (!!!!). Això seria comparable a la ficció del Parc Juràssic de recuperar DNA no degradat dels dinosaures d’uns 100 Ma.

Hebsgaard et al (2005) van revisar a fons tots aquests casos més espectaculars, amb la conclusió que aquests treballs pateixen de inadequats plantejaments experimentals i insuficient autentificació dels resultats. Per tant, hi ha grans dubtes de si les seqüències de DNA i en alguns casos els bacteris viables poden sobreviure aquests temps geològics tan grans.

A més, és preocupant que aquests treballs amb DNA tan antic no hagin estat replicats independentment per tal de confirmar la seva autenticitat, i que no mostressin una relació entre l’edat de la mostra i la persistència del DNA en funció dels diferents tipus de bacteris (Willerslev et al 2004). En canvi, aquests autors van estudiar la persistència del DNA al permafrost i com veiem (Figura 3) el DNA es va degradant i les quantitats són molt minses més enllà  de 100.000 anys i quasi no se’n troba passat 1 milió d’anys.

 

Fig 3 willerslev A

Figura 3. Persistència del DNA bacterià no degradat al llarg del temps (kyr, milers d’anys) mantingut al permafrost, mesurat per fluorescència (Willerslev et al 2004).

 

En analitzar els fílums bacterians d’aquests DNA, Willerslev et al (2004) observen (Figura 4) que els més persistents són els de Arthrobacter, principal representant dels Actinobacteris (gram-positius d’alt G+C), seguit dels esporulats (Bacillaceae i Clostridiaceae), i finalment els gram-negatius Proteobacteris.

 

Fig 4 willerslev D

Figura 4. Proporcions dels principals fílums bacterians (Actinobacteris en marron, Esporulats en taronja i Proteobacteris en blau) en base al DNA obtingut de mostres del permafrost, en funció del temps (kyr, milers d’anys) (Willerslev et al 2004).

 

Aquesta major persistència dels Actinobacteris no esporulats és sorprenent perquè els esporulats sempre han estat considerats com els més resistents de totes els tipus de cèl·lules. Malgrat que les endòspores tenen adaptacions especials com proteïnes que es lliguen al DNA per reduir la taxa de modificacions genètiques, no tenen metabolisme ni reparació activa i el seu DNA es degradarà amb el temps. Es desconeix el mecanisme de major resistència dels Actinobacteris, però podria haver-hi certa activitat i reparació del DNA a temperatures sota zero, i/o adaptacions relacionades amb l’estat de cèl·lules dorments (Willerslev et al 2004).

En qualsevol cas, els límits per amplificar el DNA per PCR estarien entre 400.000 anys i 1,5 Ma, per a mostres conservades sota zero, però això és molt més improbable en materials no congelats, com les mostres comentades d’ambre o sal de roca d’uns quants milions d’anys, i encara molt menys probable arribar a trobar cèl·lules viables d’aquestes mostres tan antigues (Willerslev et al 2004).

Bacteris “ressuscitats “

Alguns d’aquests mateixos treballs comentats on troben DNA d’alguns milions d’anys (Ma) són els casos més sorprenents d’haver “ressuscitat” microorganismes, bàsicament bacteris: cèl·lules viables de l’esporulat Bacillus de mostres d’ambre de 30 Ma (Cano & Borucki 1995), de Staphylococcus també d’ambre d’uns 30 Ma (Lambert et al 1998), i el cas més espectacular, de Bacillus d’una sal de roca de 250 Ma (Vreeland et al 2000). Aquest bacteri esporulat aïllat hauria estat en un ambient hipersalí del darrer Permià i atrapat a un cristall de sal, sobrevivint les espores fins a l’actualitat. Per al cas de Staphylococcus aïllat d’ambre, malgrat no ser esporulat, sembla que són bacteris molt resistents a condicions extremes, i que se n’han aïllat altres antics del permafrost i d’ambients molt secs (Lambert et al 1998). Malgrat això, la revisió de Hebsgaard et al (2005) d’aquests casos conclou que en cap d’ells es compleix el test de taxa relativa de distància molecular, on es calcula la taxa probable de mutacions en comparació a llinatges relacionats. Per tant, aquests aïllaments són discutibles i no reproduïts. A més, en el cas dels esmentats Bacillus de 250 Ma, s’ha discutit que la inclusió on eren els bacteris dins el cristall de roca podria ser resultat d’una recristal·lització posterior (Lowenstein et al 2011).

Una altra revisió sobre els rècords de preservació de microorganismes (Kennedy et al 1994) comenta casos publicats de fins a 600 Ma, senyalant que és curiós que hi ha força casos publicats de més de 1 Ma, i també de menys de 10000 anys, però en canvi hi ha molts pocs casos d’èpoques intermèdies. Aquests autors també remarquen els dubtes que plantegen els treballs amb bacteris supervivents tan antics, que segurament serien artefactes o contaminacions.

D’altra banda, més creïbles són els treballs de Abyzov et al (2006) i Soina et al (2004), que van demostrar la presència de diversos microorganismes vius, tant procariotes com eucariotes (llevats sobretot, però també algunes microalgues), en mostres del gel de l’Antàrtida que tenien alguns milers d’anys. Ho van fer mitjançant la combinació de mètodes microbiològics clàssics, com medis d’enriquiment i aïllament de colònies, junt amb microscòpia d’epifluorescència, microscòpia electrònica i tècniques moleculars i altres. Sembla que els bacteris que han trobat, gram-positius (Micrococcus) i gram-negatius (Arthrobacter), que no són esporulats, tenen cèl·lules dorments en forma de cist, que poden sobreviure mantenint la viabilitat a temperatures sota 0ºC durant alguns milers d’anys.

Tant quan es publiquen troballes de DNA geològicament antic com de cultius viables de mostres antigues, és fonamental la reproducció independent dels resultats per un altre laboratori, per excloure qualsevol contaminació del mateix laboratori. En el cas d’haver recuperat cèl·lules vives, cal demostrar la reproductibilitat de l’aïllament, seqüenciant els genomes dels cultius obtinguts en laboratoris independents a partir de la mateixa mostra, i comprovant que en ambdós casos els genomes coincideixen (Hebsgaard et al 2005).

A partir de les restes del fort romà de Vindolanda, al nord d’Anglaterra, s’han recuperat endòspores viables de Thermoactinomyces, un esporulat dels Bacillales (Unsworth et al 1977). Són de fa uns 1900 anys i les restes eren barreja d’argila amb palla i altres materials vegetals. Els autors proposen utilitzar aquests esporulats tan longeus com indicadors en estudis arqueològics.

A banda dels esporulats, hi ha uns quants grups de bacteris no esporulats per als quals s’han demostrat capacitats de resistència en anabiosi. En concret se n’han aïllat del permafrost i el sòl de la tundra de Sibèria del voltant del milió d’anys (Suzina et al 2006), al límit del que comentàvem abans (Willerslev et al 2004), força difícil de creure. Per estudiar experimentalment la formació d’aquestes formes d’anabiosi, Suzina et al van incubar diversos bacteris gram-positius, gram-negatius i algun arquea en medis pobres limitants en font de nitrogen, i després d’alguns mesos van obtenir-ne cèl·lules “dorments”. Van veure que aquestes tenen estructures de cist, amb càpsula i paret cel·lular engruixides, partícules intramembranoses i un nucleoide condensat (Figura 5). També van observar que aquests cists no tenen activitat metabòlica i aguanten factors estressants com la carència de nutrients o l’escalfament.

En estudiar els aïllats del permafrost, van confirmar que tenien estructures de cist molt semblants a les obtingudes al laboratori, amb estructures de paret multicapes de fins a 0,4 mm. De fet, aquests autors creuen que la majoria de bacteris presents al permafrost i a la tundra són en forma de cist (Suzina et al 2006).

 

Fig 5 fig2 modi Suzina

Figura 5. Seccions d’una cèl·lula vegetativa (a) de Micrococcus luteus i d’una cèl·lula cist (b) del mateix bacteri, obtinguda després de 9 mesos de cultiu en medi limitant en nitrogen. C, microcàpsula; CW, paret cel·lular; OL1, 2, 3, capes externes de la paret cel·lular; IL, capa interna de la paret; CM, membrana citoplasmàtica; N, nucleoide. La barra medeix 0.3 mm (Suzina et al 2006).

 

Altres llevats i fongs “ressuscitats”

A banda del sorprenent article de Aouizerat et al, motiu d’aquest post, hi han altres casos publicats de llevats i altres fongs “ressuscitats”, com els següents.

La chicha és com una cervesa de moresc, groguenca i una mica efervescent, elaborada i consumida per les poblacions andines des de fa alguns milers d’anys, el procés tradicional de la qual té la peculiaritat d’utilitzar l’amilasa de la saliva per convertir el midó en sucres fermentables. La fermentació tradicionalment tenia lloc en uns recipients d’argila anomenats “pondos”. Doncs a partir de les restes de pondos de la chicha de la cultura Hipia de Quito (fa 2100-2800 anys) s’han aïllat diversos tipus de llevats, sobretot Candida, Pichia i Cryptococcus (Gomes et al 2009). Curiosament, alguns d’aquests llevats s’han confirmat molecularment com Candida theae, similars a uns aïllats d’un té asiàtic contaminat (Chang et al 2012). Cal senyalar l’absència de Saccharomyces en aquestes chiches antigues, malgrat que en les actuals és un dels llevats principals, segurament provinent de les fermentacions de cervesa i vi que van portar els espanyols (Gomes et al 2009).

A partir de mostres de gel de Groenlàndia d’uns 100.000 anys (Ma et al 1999) sembla que també s’han pogut fer reviure diversos microorganismes, tant bacteris (Micrococcus, Rhodotorula, Sarcina) com llevats (Candida, Cryptococcus) i altres fongs (Penicillium, Aspergillus). Els autors també aïllen els DNAs i demostren el parentiu filogenètic dels aïllats. Un cop més, veiem com el gel proporciona un ambient estable i que facilita la conservació dels microorganismes i el seu DNA.

Raghukumar et al (2004) han recuperat viu el fong ascomicet esporulat Aspergillus i altres fongs a partir de mostres de sediments del fons marí, d’uns 5900 m de fons a la fossa de Chagos, al sud de les Maldives, a l’oceà Índic. En base a la fondària dins el sediment i els radiolaris presents, calculen que corresponen a un mínim d’uns 180.000 anys, i en alguns fins a 430.000 anys. A partir dels aïllats identificats com A. sydowii van obtenir espores que germinaven i creixien en pressió hidrostàtica equivalent a la fondària de 5000 m, i en una temperatura de 5ºC. Amb microscòpia d’epifluorescència i de camp brillant s’observen clarament les hifes del fong  i la seva relació amb les partícules del sediment (Figura 6). Sembla que la troballa d’aquests Aspergillus al fons marí és el fong més antic recuperat viu fins ara. Els autors suggereixen que la preservació hauria estat possible gràcies a l’elevada pressió hidrostàtica, junt amb la baixa temperatura.

 

Fig 6 Raghukumar Aspergillus deepsea indian

Figura 6. Fotomicrografies de sediment del fons (5900 m) de l’oceà Índic amb hifes de Aspergillus sydowii i partícules del sediment. (a) microscòpia d’epifluorescència combinada amb la de camp brillant; (b) epifluorescència (Raghukumar et al 2004).

 

Un dels treballs on es recuperen microorganismes viables més sorprenents i difícils de creure és el de Kochkina et al (2001), on aïllen un munt de fongs de tots els tipus, i bacteris, sobretot actinobacteris, a partir de mostres del permafrost de Rússia, Canadà i l’Antàrtida d’edats que arriben als 3 milions d’anys. Els autors suggereixen fins i tot que no hi ha un límit en quant a l’antiguitat possible per recuperar microorganismes viables. Aquest article ha tingut molt poc ressò, i ni tan sols és esmentat per articles posteriors com el de Raghukumar et al (2004).

Conclusions

Com hem vist, l’evidència de DNA de llevats no vius en restes antigues relacionades amb l’elaboració de vi es remunta a uns 5000 anys, a l’antic Egipte (Cavalieri et al 2003). Respecte a altres microorganismes, tenint en compte la degradació natural del DNA amb el temps, sembla que les mostres més antigues serien d’uns 400.000 anys com a molt, i en concret dels actinobacteris mantingudes en sediments congelats com el permafrost (Willerslev et al 2003). Les publicacions de recuperació de DNA de diversos bacteris de milions d’anys (fins a 600 Ma) presenten molts dubtes científics en quant a la seva versemblança i fiabilitat (Kennedy et al 1994).

En quant a llevats vius com els de 3000 anys de l’article motiu d’aquest post (Aouizerat et al 2019), sembla que llevats Candida i altres foren aïllats a partir de recipients per fer chicha d’uns 2800 anys (Gomes et al 2009), encara que aquesta referència és una revisió i el treball original no sembla haver estat publicat. Altres autors (Abyzov et al 2006; Soina et al 2004) també troben llevats vius, sense especificar quins, en mostres de gel de l’Antàrtida d’alguns milers d’anys. Més sorprenents són els aïllaments descrits de llevats i altres fongs i bacteris de mostres de gel de Groenlàndia de fa 100.000 anys (Ma et al 1999), així com els del fong Aspergillus del fons marí de l’Índic d’uns 180.000 anys (Raghukumar et al 2004).

En quant a altres microorganismes “ressuscitats”, alguns dels més fiables són els diversos bacteris del gel de l’Antàrtida d’alguns milers d’anys (Abyzov et al 2006) i les espores de Thermoactinomyces de restes romanes de 1900 anys (Unsworth et al 1977). Dels més antics, potser les formes d’anabiosi de bacteris conservades al permafrost de fa un milió d’anys (Suzina et al 2006) tindrien una certa versemblança. Curiosament, aquestes bacteris serien no esporulats però tindrien estructura de cist, amb paret multicapes i altres modificacions intracel·lulars. Les altres troballes de bacteris “ressuscitats” de més milions d’anys de l’ambre o de la sal de roca, de la mateixa manera que els seus DNA i també per això, són molt difícils de creure (Hebsgaard et al 2005).

Repensant en les formes cel·lulars de resistència i anabiosi, com les endòspores bacterianes i aquests cists suara comentats, cal recordar que els llevats, com molts altres fongs, tenen la capacitat de produir espores, en concret ascòspores ja que són ascomicets. Malgrat que aquestes tenen major capacitat de resistència que les cèl·lules vegetatives en ambients de sequedat o altres circumstàncies ambientals inhòspites i tenen una persistència en el temps, aparentment no hi ha (o no els he trobat) treballs relacionats amb la recuperació d’ascòspores de llevats a partir de mostres antigues.

El treball de Aouizerat et al (2019) no fa cap esment de les espores dels llevats, ni tan sols com a possible explicació de la supervivència d’aquests en aquestes mostres antigues. De fet, proposen que les microcolònies dels llevats als porus de la ceràmica durant aquests 3000 anys haurien seguit creixent mínimament gràcies a la humitat i nutrients residuals. Bé, no ho sabem, i tampoc si les ascòspores dels llevats hi han tingut algun paper.

Finalment, ens podem creure el que han trobat Aouizerat et al, però resta la porta oberta a investigar-ho en altres mostres arqueològiques similars, i no només pensant en cercar llevats vius, sinó també en bacteris d’altres productes fermentats, i més tenint en compte havent vist que no només els esporulats, sinó que altres podrien sobreviure, gràcies als cists o altres formes d’anabiosi no gaire conegudes com les dels actinobacteris.

 

Bibliografia

Abyzov SS et al (2006)Super-long anabiosis of ancient microorganisms in ice and terrestrial models for development of methods to search for life on Mars, Europa and other planetary bodies. Adv Space Res 38, 1191-1197

Andam CP et al (2016)Microbial genomics of ancient plagues and outbreaks. Trends Microbiol 24, 978 –990

Aouizerat T et al (2019)Isolation and characterization of live yeast cells from ancient vessels as a tool on bio-archaeology. mBio 10, 2, 1-21

Borschel-Dan A (2019)Israeli scientists brew groundbreaking “ancient beer” from 5,000-year-old yeast. The Times of Israel, 22nd may 2019.

Bos KI et al (2011)A draft genome of Yersinia pestisfrom victims of the Black Death. Nature 478, 506–510

Cano, R.J. and Borucki, M.K. (1995)Revival and identification of bacterial spores in 25- to 40-million year-old Dominican amber. Science 268, 1060–1064

Cavalieri D et al (2003)Evidence for S. cerevisiaefermentation in ancient wine. J Mol Evol 57:S226-232

Chang CF et al (2012)Candida theaesp. nov., a new anamorphic beverage-associated member of the Lodderomycesclade. Int J Food Microbiol 153, 10-14.

Gomes FCO et al (2009)Traditional foods and beverages from South America: microbial communities and production strategies. Chapter 3 in Industrial Fermentation, ed. J Krause & O Fleischer, Nova Science Publishers.

Hofreiter M et al (2001)Ancient DNA. Nature Rev Genet 2, 353–359.

Kennedy MJ et al (1994)Preservation records of micro-organisms: evidence of the tenacity of life. Microbiology 140, 2513-2529.

Kochkina GA et al (2001)Survival of micromycetes and actinobacteria under conditions of long-term natural cryopreservation. Microbiology 70, 356-364

Lambert LH et al (1998)Staphylococcus succinussp. nov., isolated from Dominican amber. Int J Syst Bacteriol 48, 511-518

Lowenstein TK et al (2011)Microbial communities in fluid inclusions and long-term survival in halite. GSA Today 21, 4-9

Ma L et al (1999)Revival and characterization of fungi from ancient polar ice. Mycologist 13, 70-73.

Madeja J et al (2009)Bacterial ancient DNA as an indicator of human presence in the past: its correlation with palynological and archaeological data. J Quaternary Sci 24, 317-321.

Maixner F et al. (2016)The 5300-year-old Helicobacter pylorigenome of the Iceman. Science 351, 162–165

McGovern PE et al (1986) Neolithic resinated wine. Nature 381:480–481

Mortimer R & M Polsinelli (1999)On the origins of wine yeast. Res Microbiol 150, 199-204

Raghukumar C et al (2004)Buried in time: culturable fungi in a deep-sea sediment core from the Chagos Trench, Indian Ocean. Deep Sea Res Part I: Oceanog Res Papers 51, 1759-1768

Soina VS et al (2004)The structure of resting microbial populations in soil and subsoil permafrost. Astrobiology 4 (3), 345–358.

Suzina et al (2006)The structural bases of long-term anabiosis in non-spore-forming bacteria. Adv Space Res 38, 1209-1219.

Unsworth BA et al (1977)The Longevity of ThermoactinomyceteEndospores in Natural Substrates. J Appl Microbiol 42, 45-52

Vreeland RH et al (2000)Isolation of a 250 milion-year-old halotolerant bacterium from a primary salt cristal. Nature 407, 897-900.

Willerslev E et al (2003)Diverse plant and animal DNA from Holocene and Pleistocene sedimentary records. Science 300, 791-795

Willerslev E et al (2004) Long-term persistence of bacterial DNA. Curr Biol 14,PR9-R10.

 

 

About Albert Bordons

Professor at "Universitat Rovira i Virgili" in Tarragona. Born in Barcelona 1951. Scientific areas: microbiology, biochemistry, biotechnology, oenology. I like: nature, biological sciences, photography, mountains, ... Languages: catalan (first one), spanish, french, english and some italian.

Posted on 2 Agost 2019, in Biologia, Genètica i biologia molecular, Vins i Enologia and tagged , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , . Bookmark the permalink. 2 comentaris.

Deixa un comentari

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

Esteu comentant fent servir el compte WordPress.com. Log Out /  Canvia )

Twitter picture

Esteu comentant fent servir el compte Twitter. Log Out /  Canvia )

Facebook photo

Esteu comentant fent servir el compte Facebook. Log Out /  Canvia )

S'està connectant a %s

Lluís Rabell

Activista, polític, company

Blog Cátedra de Historia y Patrimonio Naval

“Quien domina el mar, domina todas las cosas” (Temístocles)

No sé ni cómo te atreves

Fotografía y esas pequeñas cosas de cada día

Life Secrets

For my students

Horitzons llunyans

Mirades distants

#4wine

Los vinos son pequeñas historias dentro de una botella y nosotras queremos contarte las nuestras

Vi·moments·persones

Un maridatge a tres bandes

SciLogs: Artificial, naturalmente

Coses interessants de ciències de la vida i de la natura, i altres no tan "Bios"

microBIO

Coses interessants de ciències de la vida i de la natura, i altres no tan "Bios"

RealClimate

Coses interessants de ciències de la vida i de la natura, i altres no tan "Bios"

Quèquicom

Coses interessants de ciències de la vida i de la natura, i altres no tan "Bios"

Dionís de viatge a Ítaca

Experiències enoturístiques

A %d bloguers els agrada això: